O uso de HyTime implica na inclusão de "markups" nos documentos, uma vez que ele é uma linguagem baseada em SGML. Isto inibe a possibilidade de se armazenar âncoras e ligações associativas independentemente do conteúdo propriamente dito.

Pode-se considerar que o HyTime oferece um certo grau de independência entre as especificações para apresentação e navegação e as suas possíveis implementações. Porém, as especificações não ficam separadas, comprometendo seriamente essa separação de assuntos.

Não há preocupação com a incorporação de significado, exceto pela possibilidade de usar os atributos SGML para indicar alguma semântica à aplicação.

O uso de "markup" previne que dados pertencentes ao sistema fiquem disponíveis a outros sistemas e que os dados destes outros sistemas não possam participar de hiper-espaços, a não ser como "caminhos sem saída". Interessante notar que o tratamento de imagens não é realizado da mesma maneira que o de texto, havendo separação entre conteúdo e âncoras.

A tarefa de permitir a visualização dos caminhos disponíveis para navegação pelo usuário, também, fica comprometida devido à junção dos "markups" ao conteúdo.

A forma como se realiza a especificação via HyTime permite o uso de tipos, porém não de herança ou derivação.