(Última atualização: 13/07/2004)

BP590 - Princípios de Sistemática Molecular

Prof. Sérgio Furtado dos Reis

Departamento de Parasitologia - IB/Unicamp

Prof. Fernando J. Von Zuben

Departamento de Engenharia de Computação e Automação Industrial - FEEC/Unicamp

Objetivo

• O objetivo do curso é enfocar aspectos fundamentais da teoria da sistemática biológica nos níveis do organismo e das moléculas, com ênfase nos métodos de inferência filogenética.

Ementa

• A sistemática biológica é o ramo da biologia evolutiva cujo objetivo é recuperar as relações genealógicas subjacentes à diversidade orgânica. O princípio de unificação da biologia sistemática é o estudo da ancestralidade em diferentes escalas de tempo e envolve problemas que variam da construção de árvores filogenéticas ao nível de espécies e taxa superiores até genealogias dentro de populações.

Informações Importantes (Última atualização: 30/03/2004)

• Programa da disciplina
  
• Avaliação: A avaliação será baseada em exercícios e ensaios semanais sobre os tópicos considerados nas aulas teóricas.
• Horário: Segunda-feira, das 8:00 às 12:00hs
  8:00-9:00hs - aula teórica ou prática
  9:00-9:30hs - intervalo
  9:30-10:30hs - aula teórica ou prática
  10:30-12:00h - exercícios
  

Notas de Aula (em PDF) (Última atualização: 13/07/2004)

• Tópico 1: Ciências teóricas e sistemática biológica
  
• Tópico 2 (versão para impressão) (versão colorida para visualização): DNA, genes, código genético e mutação
  
• Tópico 3: Alinhamento de seqüências
  
• Tópico 4: Mudanças evolutivas em seqüências de nucleotídeos
  
• Tópico 5 (versão para impressão e visualização): Otimização em espaços contínuos e discretos
  
• Tópico 6: Árvores filogenéticas
  
• Tópico 7 (parte I) (versão para impressão) (versão colorida para visualização): Inferência filogenética: critério de matrizes de distâncias (UPGMA)
  
• Tópico 7 (parte II) (versão para impressão) (versão colorida para visualização): Inferência filogenética: critério de matrizes de distâncias (WPGMA, Ultrametricidade, Aditividade, Fitch-Margoliash)
  
• Tópico 7 (parte III) (versão para impressão e visualização): Inferência filogenética: critério de matrizes de distâncias (Neighbor-Joining)
  
• Tópico 8 (parte I) (versão para impressão) (versão colorida para visualização): Inferência filogenética: critério de parcimônia
  
• Tópico 8 (parte II) (versão para impressão e visualização): Inferência filogenética: critério de parcimônia
  
• Tópico 8 (parte III) (versão para impressão e visualização): Inferência filogenética: critério de parcimônia
  
• Tópico 9 (parte I) (versão para impressão) (versão colorida para visualização): Inferência filogenética: critério de verossimilhança máxima
  
• Tópico 9 (parte II) (versão para impressão e visualização): Inferência filogenética: critério de verossimilhança máxima
  
• Tópico 9 (parte III) (versão para impressão e visualização): Inferência filogenética: critério de verossimilhança máxima
  
• Tópico 10 (versão para impressão e visualização): Métodos de Busca para Árvores Filogenéticas
  
• Tópico 11 (parte I) (versão para impressão) (versão colorida para visualização): Confiabilidade
  
• Tópico 11 (parte II) (versão para impressão) (versão colorida para visualização): Seleção de Modelos
  
• Tópico 12: Discussão de trabalhos em sistemática molecular
  

Material de Apoio (Última atualização: 14/06/2004)

O material de apoio a seguir está disponível aqui.

• Apoio ao Tópico 9: Likelihood methods and estimation of model parameters
  
• Apoio ao Tópico 9: Bibliography
  

Programas em Matlab (Última atualização: 03/05/2004)

• espcont.m: Otimização em Espaços Contínuos (Superfície de Otimização Fixa)
• espcont1.m: Otimização em Espaços Contínuos (Superfície de Otimização Variável)
• espdisc.m: Otimização em Espaços Discretos (Superfície de Otimização Fixa)
• espdisc1.m: Otimização em Espaços Discretos (Superfície de Otimização Variável)