Objetos nunca são manipulados diretamente, mas sempre através de uma variável que contém uma referência para o objeto. Internamente, uma referência conterá o endereço para a área de memória que contém o objeto, mas isso é irrelevante sob o ponto de vista do programador. Alguns exemplos de manipulação de objetos usando a classe String devem esclarecer esses aspectos.
Em função dessa característica na manipulação de objetos, a atenção deve ser redobrada quando a aplicação precisa comparar objetos; a cópia de objetos também é afetada por esses mesmos aspectos.
Deve-se observar que o escopo da referência ao objeto encerra-se com o fim do bloco no qual a referência é definida, mas a remoção do objeto só ocorre através do processo de coleta de lixo.
Uma referência especial é criada para que cada objeto possa poder referenciar a si próprio no corpo de seus métodos; esta referência é apontada pela variável implícita this.